Bệnh tự miễn hoặc bệnh dị ứng gây ra khi sự cân bằng giữa Th1/Th2 của các tế bào miễn dịch, tế bào T, bị phá vỡ.Tế bào gốc có thể điều trị các bệnh tự miễn bằng cách duy trì trạng thái cân bằng giữa Th1/Th2. Đặc biệt, có hơn 100 loại bệnh tự miễn, các biến chứng có thể đe dọa tính mạng. Hầu hết là không thể chữa khỏi, nhưng có thể sử dụng tế bào gốc để điều trị. Tế bào gốc làm tăng chức năng miễn dịch bị suy giảm và bình thường hóa chức năng miễn dịch bị tăng quá mức để giữ cho chức năng miễn dịch của cơ thể luôn ở mức cân bằng.